Travaux de Recherche

Travaux de Recherche

bacteria-icon-2316230_640
Chercheuse contractuelle
Janvier 2015 – Aujourd’hui
INRA Jouy-en-Josas
UR MaIAGE ( Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l’Environnement) Jouy-en-Josas (78)
Picture
Sujet : Méthodes informatiques d’extraction d’informations issues de textes biologiques

  • Annotations manuelles et automatiques d’articles scientifiques de biologie guidées par un modèle de connaissance et des ontologies
    • Biologie moléculaire (spécifiquement sur le développement de la graine chez Arabidopsis thaliana)
    • Microbiologie alimentaire (spécifiquement sur la flore microbienne alimentaire , associées aux phénotypes, molécules et applications)
  • Prédiction d’entités et de relations
  • Récolte, modification et création des ressources (lexiques, ontologies)
  • Analyse du besoin de text-mining
    • en biologie moléculaire sur la régulation génique de Arabidopsis thaliana
    • en microbiologie sur la biodiversité microbienne et leurs phénotypes dans les aliments
  • Accès aux résultats
→ Chaix, E., Deléger, L., Bossy, R., Nédellec, C. (2018).
Text-mining tools for extracting information about microbial biodiversity in food
Food Microbiology https://doi.org/10.1016/j.fm.2018.04.011
Chaix, E., Aubin, S., Deléger, L., Nédellec, C. (2017).
Text-mining needs of the food microbiology research community. Full paper presented at 2017 EFITA WCCA Congress, Montpellier, FRA (2017-07-02 – 2017-07-06).
→ Chaix, E., Dubreucq, B., Fatihi, A., Valsamou, D., Bossy, R., Ba, M., Deléger, L., Zweigenbaum, P., Bessières, P., Lepiniec, L. & Nédellec, C. (2016).
Overview of the regulatory network of plant seed development (seedev) task at the BIONLP shared task 2016.
In Association for Computational Linguistics, Proceedings of the 4th BioNLP Shared Task Workshop , pages 1–11,
Berlin, Germany, August 13, 2016

Nédellec, C., Bossy, R., Chaix, E., Deléger, L. (2017).
Text-mining and ontologies: new approaches to knowledge discovery of microbial diversity.
In: Proceedings of the 4th International Microbial Diversity Conference (p. 221-227).
Short-paper presented at 4th International Conference on Microbial Diversity 2017, Bari, ITA (2017-10-24 – 2017-10-26). ITA : Marco Gobetti.
Projets associés:

cds openminted

 

Chercheuse doctorante

Septembre 2011 – Septembre 2014 (36 mois)
Université Montpellier 2
UMR IATE (Ingénierie des Agropolymères et Technologies Emergentes) Montpellier (34)
Thèse soutenue le 10 juillet 2014 et réalisée sous la direction de Valérie Guillard
Photo

Sujet : Caractérisation et modélisation des transferts de gaz (O2/CO2) dans le système emballage/aliment en lien avec les réactions de croissance microbienne (microbiologie prévisionnelle)Intégré dans le projet ANR Map’Opt (Modified Atmosphere Protection Optimisation)

  • Etude du transfert d’Oxygène et du Dioxyde de Carbone dans des matrices alimentaires (Solubilité et Diffusivité).
  • Développement de méthodes simples et non-destructives pour mesurer la solubilité et la diffusivité de l’Oxygène et du CO2 dans les produits alimentaires solides.
  • Etude de l’impact des réactions d’oxydation, de la quantité de gras, de la température, de la structure de la matrice ou encore de la viscosité sur les coefficients de transferts.
  • Couplage des modèles de transferts de matière et de la microbiologie prédictive afin de développer un outil d’aide à la décision de choix d’emballage. Photo
Etude des transferts gazeux dans le système Emballage/Aliment, sur des produits non-respirants, avec prise en compte des réactions microbiennes et des différents transferts de Dioxyde de Carbone et d’Oxygène (Perméabilité, Solubilité et Diffusivité)
Chaix, E., Guillaume, C., & Guillard, V. (2014).
Oxygen and carbon dioxide solubility and diffusivity in solid food matrices: a review of past and current knowledge.
Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, 13(3), 261-286. DOI: 10.1111/1541-4337.12058
Chaix, E., Couvert, O., Guillaume, C., Gontard, N. & Guillard, V. (2015). 
Predictive Microbiology Coupled With Gas (O2/CO2) Transfer In Food/Packaging Systems: How to Develop an Efficient Decision Support Tool For Food Packaging Dimensioning.  
Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety 14 (1), 1-21. DOI : 10.1111/1541-4337.12117

Chaix, E., Guillaume, C., Gontard, N., & Guillard, V. (2015).
Performance of a non-invasive methodology for assessing oxygen diffusion in liquid and solid food products.
Journal of Food Engineering, 171, 87-94. DOI: 10.1016/j.jfoodeng.2015.10.014
Chaix, E., Broyart, B., Couvert, O., Guillaume, C., Gontard, N., & Guillard, V. (2015).
Mechanistic model coupling gas exchange dynamics and Listeria monocytogenes growth in modified atmosphere packaging of non respiring food.
Food microbiology, 51, 192-205. DOI:10.1016/j.fm.2015.05.017
Chaix, E., Guillaume, C., Gontard, N., Guillard, V. (2015) Diffusivity and solubility of CO2 in dense solid food products. Journal of Food Engineering DOI: 10.1016/j.jfoodeng.2015.05.023
→ Guillard, V., Couvert, O., Stahl, V., Hanin, A., Denis, C., Huchet, V., Chaix, E., Loriot, C., Vincellot, T. & Thuault, D. (2016).
Validation of a predictive model coupling gas transfer and microbial growth in fresh food packed under modified atmosphere.
Food microbiology, 58, 43-55. DOI: 10.1016/j.fm.2016.03.011
→ Guillard, V., Buche, P., Dibie, J., Dervaux, S., Acerbi, F., Chaix, E., Gontard, N., & Guillaume, C. (2016).
CO 2 and O 2 solubility and diffusivity data in food products stored in data warehouse structured by ontology.
Data in brief, 7, 1556-1559. DOI: 10.1016/j.dib.2016.04.044

Stagiaire RecherchePhoto

Février 2011 – Juillet 2011 (6 mois)
Université Montpellier 2
UMR IATE (Ingénierie des Agropolymères et Technologies Emergentes) Montpellier (34)
Sous la direction de Valérie Guillard

Sujet: Etude du transfert d’oxygène et du dioxyde de carbone dans des matrices alimentaires (Solubilité et Diffusivité)

  • Mesure de la diffusion de l’oxygène dans des échantillons lipidiques en fonction de la viscosité et identification de la diffusivité par Matlab.
  • Recherche méthodologique sur l’obtention de la diffusion du CO2Photo
Exemple de méthodologie utilisée pour obtenir la diffusivité de l’oxygène, basée sur les mesures par extinction de luminescence. Méthode non destructive de l’oxygène, elle permet une mesure de la pression partielle dans l’espace de tête, ou, in situ, dans le système Emballage/ Aliment.

Stagiaire Recherche et Développement
Mars 2010 – Septembre 2010 (7 mois)Photo
CIRAD LAVALETTE UMR QUALISUD , Montpellier (34)

Sous la direction de Renaud Boulanger et Fabrice Davrieux

Sujet: Analyse de l’influence de la maturité sur les arômes du café arabica Bourbon Pointu (produit à forte valeur ajoutée) (290 échantillons)

  • Extraction et identification de composés aromatiques du café vert et café torréfié par la méthode SPME couplée à la GC-MS. (45 composés pour le café vert, 54 pour le café torréfié, 18 communs aux deux cafés)
  • Remise en question de la méthode SPME pour la différenciation entre différents types de café, sur la totalité des mesures effectuées grâce aux traitements statistiques (ACP) (environ 1000 échantillons)

Stagiaire Qualité et Sécurité alimentairePhoto
Mars 2008 – Juin 2008 (4 mois)
SARL PATISSERIE MAZAS (18 salariés, 825K€), Foix (09)

Sous la direction de Fabrice Mazas

Sujet : Mise en place du système de marche en avant dans la zone de production

  • Analyse des procédés utilisés pour les zones de pâtisserie, viennoiserie et chocolaterie.
  • Mise en place d’affichages récapitulant les notions d’hygiène élémentaires.